Het Secretariaat van de Bisschoppenconferentie behartigt alle materies van de Bisschoppenconferentie, een permanent orgaan van de bisschoppen van België. De bisschoppen en hulpbisschoppen beslissen er samen over alles wat de Belgische Kerk aangaat.
Het secretariaat informeert de Bisschoppenconferentie, behandelt kwesties in naam van de Bisschoppenconferentie en vertegenwoordigt de conferentie in binnen- en buitenland. Het secretariaat volgt de werkzaamheden op binnen de bisschoppelijke commissies en comités en bereidt de vergaderingen van de conferentie voor. Het zorgt ook voor de opvolging van de beslissingen en de verslaggeving.

Het Secretariaat van de Bisschoppenconferentie verzorgt ook het secretariaat van de Katholieke Nationale Commissie voor Oecumene en dit van de interdiocesane werkgroep Pastoraal, nieuwe religiositeit en sektarische tendensen.